Jusqu'en 1993, SFERE est dirigée par un Président issu du monde industriel (modèle de gouvernance des IUT), exerçant son activité à titre bénévole, et un Directeur Général, issu du monde académique, salarié de SFERE.

 

Le premier président de SFERE est Jean Leduc, qui est alors le PDG de la société Elis et Président du Conseil d'Administration de l'IUT de Saint Denis. Jean Dupuis lui succède en 1984, puis Henri Pujol (PDG de la société Christofle) en 1988. Ce dernier sera remplacé en 1993 par Jacques Bodin, Directeur Général de SFERE, ancien directeur d'IUT et Inspecteur Général de l'Éducation Nationale, qui cumulera dès lors les deux fonctions jusqu'à son propre départ à la retraite à la fin de l'année 2011. Il est remplacé depuis le 1er janvier 2012 par Patrice Laurens, qui était jusqu'alors le Directeur du Développement International de SFERE.

 

Le pilotage de l'entreprise est assuré de façon collégiale par un Comité de Direction composé du PDG et des directeurs de département et du Directeur du Pôle Appels d'Offres.